В том же wrye mash вроде была функция repair all у сейва, она , вроде , удаляет клонов, емнип.Но если после этой функции и пересохранения то же самое начинается, то хз. Если несколько плагинов изменяют одно и то же, то в игре будут заметны изменения плагина идущего последним. Например "better sound" и "гербология" изменяют растение Пробочник( первый плаг проигрывает опр. звук, второй позволяет растение "сорвать"), если последним загружен "better sound" то будет играть звук, но лазить в растение придется как в контейнер, а если последним загружена "гербология", то можно пробочник сорвать, вот только звук около него играть не будет. ЕМНИП, это было в ридми написано.